Le rapport hiérarchique est un droit fondamental du militaire : tout militaire peut demander à être reçu au rapport hiérarchique de son commandement (commandant d’unité ou chef de corps) en respectant la voie hiérarchique. Le militaire peut ainsi porter à la connaissance de l’autorité qui le recevra en entretien toute question ou préoccupation d’ordre professionnel ou personnel ou tout dysfonctionnement qu’il estimerait avoir constaté dans l’exercice de ses fonctions.

Ce rapport hiérarchique permet également au commandement d’informer son personnel de toute décision ou orientation le concernant (formation, orientation, félicitation, sanction …).

L’entretien est formalisé et retranscrit dans le cahier de rapport hiérarchique, ce qui assure sa traçabilité. Le militaire reçu peut obtenir, à sa demande, une copie de cette retranscription.

La réception au rapport hiérarchique constitue un devoir pour l’autorité saisie, celle-ci est tenue de recevoir le militaire en entretien lorsque la demande a été formalisée. De même, le militaire convoqué au rapport hiérarchique se trouve dans l’obligation de s’y rendre sous peine d’être sanctionné au titre d’un refus d’obéissance.

Instruction n° 406/DEF/DRHAT/SDEP/BCPEH/CMC relative à la commission participative du corps et au rapport hiérarchique.

Le lien avec l’institution militaire se créée dès la prise d’effet du contrat d’engagement. Ce lien régulier est rompu dès que le militaire quitte son corps sans autorisation ou qu’il ne le rejoint pas dans les délais légaux.
Le militaire est considéré en absence irrégulière dès le moment où son absence est constatée et jusqu’à l’expiration d’un délai de grâce. Ce délai de grâce commence à courir le lendemain du jour où cette absence est constatée ou le lendemain du dernier jour prévu d’une permission, d’un congé ou d’une mission. A l’issue, le militaire est placé en situation de désertion.
Ce délai de grâce varie selon les circonstances de la désertion. L’article L.321-2 du code de justice militaire précise que, pour les déserteurs dits « à l’intérieur » en temps de paix, c’est-à-dire les militaires dont la formation de rattachement se situe sur le territoire de la République, le délai varie de 0 à 6 jours. Pour les déserteurs dits « à l’extérieur » en temps de paix, c’est-à-dire les militaires basés à l’étranger, l’article L321-5 du même code précise que ce délai varie de 0 à 3 jours. Qu’il s’agisse de désertions à l’intérieur ou à l’extérieur, ces délais de grâce sont réduits en temps de guerre.
La majorité de faits de désertion rencontrés sont consécutifs à une absence sans autorisation, à un non-retour à l’issue d’une permission ou d’un congé. Dans ces cas, le délai de grâce prévu par la loi est de 6 jours.

Peu importe le type de désertion, l’unité procèdera à la suspension de la solde du militaire dès le premier jour de son absence.

Le militaire en position de désertion s’expose à des sanctions disciplinaires pouvant aboutir à la résiliation de son contrat d’engagement ou à la radiation des cadres et ce, conformément à l’article R.4137-92 du code de la défense.  Avant de prononcer une telle décision, l’autorité militaire adresse au militaire une mise en demeure, par lettre recommandée avec accusé réception, à sa dernière adresse connue lui enjoignant de rejoindre sa formation afin de régulariser sa situation et lui indiquant les conséquences disciplinaires de son abandon de poste.

Parallèlement à toute procédure disciplinaire, la désertion étant une infraction militaire prévue et réprimée par le code de justice militaire, les faits sont dénoncés au procureur de la République qui est susceptible d’engager des poursuites à l’encontre du militaire concerné.
Tout militaire se rendant coupable de faits de « désertion à l’intérieur en temps de paix » encourt une peine d’emprisonnement pouvant aller jusqu’à trois ans d’emprisonnement. En ce qui concerne les désertions commises « à l’étranger en temps de paix », elles sont punies d’emprisonnement pouvant atteindre un maximum de cinq années. Ces taux sont aggravés dès lors que les faits sont commis en temps de guerre ou sur un territoire sur lequel l’état de siège ou l’état d’urgence a été proclamé.