La mission du bataillon est déclinée en deux volets. Tout d’abord contrôler la zone d’action dévolue située dans l’ouest du département tout en renouant les liens avec les populations françaises d’origine amérindienne. Le Suriname, qui vient d’obtenir son indépendance de la Hollande en 1975, conteste quelques fois le tracé frontalier sur le Maroni. Le second volet est similaire au premier mais localisé dans l’extrême sud du département, où la frontière avec le Brésil est pour moitié située en pleine jungle et délimitée par huit bornes. L’est du département est quant à lui placé sous la responsabilité du 3 REI.

Moins d’un mois après son installation, le 9 BIMa réalise sa première mission de présence sur le fleuve et voit ses marsouins se confronter aux sauts du Maroni. Dès l’année suivante, c’est en forêt qu’ils participent aux premières missions « profondes » de reconnaissance. Celles-ci ont pour vocation principale de rouvrir les itinéraires en empruntant les criques et les layons pour se rendre sur les fameuses bornes frontières.

Les marsouins du régiment des 3A se réapproprient dans la sueur et la fatigue, les savoir-faire de leurs anciens, avec toutes les difficultés inhérentes à la topographie du département. Rapidement, la décision est prise de créer un pôle de formation dédié à l’apprentissage du savoir-faire propre à la spécificité de la jungle amazonienne. C’est ainsi que le centre d’entraînement en forêt équatoriale de la montagne aux serpents voit le jour.

Des échanges bilatéraux avec les pays frontaliers, ou de la sous-région, sont également organisés : Venezuela, Aruba, Curaçao, Brésil ou encore Suriname. À ceux-ci s’ajoutent l’envoi de personnel pour suivre des stages spécifiques au combat et à la survie en jungle tels Manaus, Belize, ou autre Tigré mais aussi la participation d’équipes à des challenges internationaux à l’instar du Caribbean Challenge durant lesquels le bataillon parvient à se distinguer à différentes reprises. Certains évènements politiques de la sous-région dégénérant en troubles localisés, voire en guerre civile, permettent de prouver, à juste titre, la nécessaire présence du 9 BIMa en Guyane.

En 1980, le Suriname est en proie à une instabilité politique réelle qui va engendrer une succession de coups d’états. Suite à ces exactions particulièrement violentes, près de 10 000 civils Surinamais viennent trouver refuge sur le sol français, dont la population est estimée à 60 000 habitants. Le 3 septembre 1980, la France met en œuvre le plan Maroni afin de maintenir la sécurité sur le fleuve qui matérialise la frontière entre les deux pays, créer des camps au profit des réfugiés et faire face à l’urgence humanitaire. En septembre 1980, le bataillon, pleinement engagé dans la sécurisation du fleuve, est restructuré et se voit à nouveau transformé en régiment. Le plan Maroni prend fin en janvier 1993.

Après cette période trouble pour les ressortissants français de Guyane mais aussi pour les civils Surinamais, le 9 de marine reprend peu à peu une activité plus traditionnellement dévolue à une unité des forces de souveraineté. Composé aujourd’hui de sept compagnies dont une de réserve, le 9 RIMa mène désormais des opérations interarmées et interministérielles, à l’instar d’Harpie pour la lutte contre l’orpaillage illégal et de Titan pour la protection du centre spatial guyanais.